Merkezimizin yapısı 1 Müdür, 7 kişilik Yönetim Kurulu ve 5 kişiden oluşan Danışma Kurulundan oluşmaktadır. Ayrıca Merkez yönetim kurulu içerisinden 2 kişi Müdür yardımcısı olarak görev yapmaktadır. 

Bunların dışında Merkezimiz bünyesinde Afet Tahmin ve Erken Uyarı Birimi, Zarar Azaltma ve Önleme Birimi, Afet Hazırlık Birimi ve Halk Sağlığı ve Kurtarma gibi çalışma grupları bulunmaktadır.